MotionBuilder には独自のバージョン管理機能があり、Perforce および Microsoft Visual SourceSafe の簡易版のバージョン管理ソフトウェア製品を使用しています。
バージョン管理は開発チームの役に立つもので、共有ファイルすべての Check In オプションおよび Check Out オプションによって作業内容を保護しトラッキングすることができます。
MotionBuilder のバージョン管理機能は、テクスチャやビデオ クリップなどの外部オブジェクトには適用されません。これらの外部オブジェクトを含めるためには、ファイルを保存する時に Embed Media オプションを使用します。