以下はハイパーグラフに関する制限事項と次善策です。 
         
- でシェイプを非表示にする、または折り畳む
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                   シェイプを非表示にしているまたは畳むとき、トランスフォーム ノードは子シェイプのアイコンを表示します。グラフが組み込まれた順番によっては、子シェイプがあってもトランスフォーム アイコンが表示されたままの場合もあります。 
                   解決方法 
                   を使用して、アイコンを更新します。 
                   
 
- の DG ビューで接続を削除する
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                   DG ビューでの接続は、接続を単一選択しているときのみ削除できます。複数選択されている接続を、1 回の削除操作で削除することはできません。 
                   解決方法 
                   DG ビューで接続を個別に削除します。 
                   
 
- で IK ハンドル ツール(IK Handle Tool)を使用する
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                   ハイパーグラフでの IK ハンドル ツールの動作は、モデル ビューでの動作とは異なります。モデル ビューではスタート ジョイントを選択してからエンド ジョイントを選択して、IK ハンドルを追加することができます。しかし、では最初のジョイントを選んだ後、エンド ジョイントが選択できるように Shift キーを押したままにしてを選択項目を延長しなければなりません。