「直交」とは、互いに垂直に（90 度で）交わらない 2 つのベクトルを説明した用語です。3D 空間では、X、Y、Z 軸が垂直に交わっていない場合、それはら「非直交」とみなされ、FBX プラグインはそれらの軸をマトリクスとしてサポートしません。たとえば、回転とスケーリングによってオブジェクトをスキューすると、非直交の軸セットが生じる場合があります。

FBX プラグインは X、Y、Z 軸の間は必ず 90 度であると想定しているため、直交マトリクスのみをサポートできます。非直交の TRS マトリクスを持つ変形軸はすべて無視されるので、軸が直交でないときに作成された効果はインポートもエクスポートもされません。このため、非直交の効果（スキューイングなど）は失われます。

他のオブジェクトから継承した変形データを持っている場合でも、この制限事項によって問題が生じることがあります。たとえば、親オブジェクトを介してスケーリングした結果、非直交のローカル TRS マトリクスになった場合などです。