父场景文件可能会受到在层次的被引用子场景文件级别所做的编辑的不利影响。以下部分提供了会影响父场景解决以前所做编辑的能力的一些编辑示例：
请勿更改被引用文件的 DAG 节点层次。如果在被引用子场景被引用到父场景之后在该子场景中对 DAG 层次进行修改，使得 DAG 路径不同于在父场景中进行编辑指定的路径，则可能无法再实现这些编辑，或者可能以意外方式应用这些编辑。
如果在被引用子文件被引用到父场景之后重命名该文件中的节点，则将无法再实现在父场景中对该节点所做的任何编辑。例如，有两个节点分别存在于被引用子文件中，并在父场景中进行编辑以连接这两个节点。如果随后在子文件级别重命名其中任一节点，则父场景将无法应用其所做编辑（因为名称已更改），并显示错误消息。
在必须编辑被引用文件中的曲面几何体的情况下，用户可以将历史添加到被引用模型中。预照明就属于这种情况，这种效果用于以网格顶点颜色存储从该网格的渲染外观获得的着色和照明信息。只要被引用文件中的多边形几何体具有历史，就可以在父场景中添加新历史。在引用子场景文件中添加历史的一种简单方法是选择网格，然后选择编辑网格 > 变换组件(Edit Mesh > Transform Component)。
如果在被引用子场景文件中更改某个属性的值，则除了立即“撤消”(Undo)，没有任何其他方法可恢复该属性。如果必须恢复该值，请考虑通过设定关键帧、Trax 姿势或 Trax 片段来存储该值。另一个方法是在“属性编辑器”(Attribute Editor)中将该值存储为节点预设。
在使用组选项创建文件引用时，层次中的某些对象可能会在平移、旋转或缩放新组节点时收到双重变换（在父场景中工作时）。例如，在平移某个对象时，该对象会接收两个命令，要求根据它在层次中的位置进行变换。对于骨架和蒙皮角色之间已存在关系的装备角色，很容易发生这种情况。在这些情况下，必须为被引用文件中的项目禁用“继承变换”(Inherit Transforms)属性，或者确定分组层次的替代方法。
当多个用户处理一个项目，并且一个用户正在编辑的被引用文件同时被其他用户引用时，其他用户将无法看到第一个用户在他们自己的父场景中所做的修改，除非重新加载文件引用。请参见“引用编辑器”概述。
如果需要在保存引用编辑操作的过程中写出节点，则可以导入被引用文件，使所有项均位于场景中，然后仅选择导入的那些项目，并再次作为引用导出所选项。这样，对节点和属性所做的所有编辑均将写入导出的文件引用。
