В случае добавления пакет обновления применяется только к текущему развертыванию. Файл пакета обновлений включается в развертывание. Сам пакет можно использовать после развертывания программы.
В случае объединения пакет обновления объединяется с административным образом. После объединения пакет обновления нельзя удалить из административного образа.
На панели настройки программы при создании развертывания можно выбрать применительно к пакетам обновлений операцию добавления или объединения.